Powszechnie uznaje się, że leczenie żywieniowe należy rozważyć, jeżeli istnieje prawdopodobieństwo, że przez okres przekraczający 2-3 tygodni podaż pokarmu będzie jakościowo lub ilościowo niewystarczająca. Przed wprowadzeniem terapii należy rozważyć każdy przypadek indywidualnie, uwzględniając: stan kliniczny, rozpoznanie, rokowanie, zagadnienia etyczne, spodziewany wpływ żywienia na jakość życia oraz wolę chorego.
Należy również pamiętać, że proces leczenia żywieniowego musi koniecznie wynikać z przesłanek medycznych, a nie z wygody podania pokarmu, oszczędności czasu, pieniędzy i siły roboczej. Leczenie takie nie może także stanowić substytutu właściwej opieki pielęgniarskiej.
Głównymi wskazaniami do leczenia żywieniowego są:
1) choroby onkologiczne - laryngologiczne (nowotwory nosa, gardła i krtani) oraz górnego odcinka przewodu pokarmowego, które upośledzają pasaż pokarmów; PEG można stosować w przypadkach nieoperacyjnych lub wytwarzać ją przed zabiegiem operacyjnym, radio- bądź chemioterapią i usuwać po uzyskaniu poprawy stanu chorego, kiedy istnieje pewność, że doustna podaż pokarmu będzie wystarczająca;
2) choroby neurologiczne - zaburzenia połykania (dysphagia) po udarach naczyniowych mózgowia lub po urazach czaszkowo-mózgowych, jak również w przypadku guzów mózgu, porażenia opuszkowego, choroby Parkinsona, stwardnienia zanikowego bocznego oraz dziecięcego porażenia mózgowego;
3) inne choroby - wyniszczenie w przebiegu zespołu nabytego upośledzenia odporności (acquired immune deficiency syndrome - AIDS), zespół krótkiego jelita (przy czym w tym wypadku stosuje się tylko i wyłącznie żywienie pozajelitowe), operacje odtwórcze okolicy twarzy, długo trwająca śpiączka, mnogie obrażenia ciała, choroba Crohna, mukowiscydoza, przewlekła niewydolność nerek, wady wrodzone (np. przetoka tchawiczo-przełykowa).
Istnieje również szereg przeciwskazań do leczenia żywieniowego, wśród których można wyróżnić: poważne zaburzenia krzepnięcia krwi, interpozycję narządów (np. wątroby, okrężnicy), zaawansowany rozsiew nowotworowy w otrzewnej, znacznego stopnia wodobrzusze, zapalenie otrzewnej, jadłowstręt psychiczny, ciężką psychozę oraz znaczne skrócenie oczekiwanego okresu przeżycia.